وبدأت قصة تأسيس المتحف مع الاهتمام العالمى الكبير بالآثار المصرية بعد فك رموز حجر رشيد على يد العالم الفرنسى شامبليون، وكانت النواة الأولى للمتحف ببيت صغيرعند بركة الأزبكية القديمة، حيث أمر محمد على باشا بتسجيل الآثار المصرية الثابتة ونقل الآثار القيمة إلى متحف الأزبكية وذلك عام 1835، وأسند إدارتهما إلى يوسف ضياء أفندى، بإشراف رفاعة الطهطاوى.
وبعد وفاة محمد على عادت سرقة الآثار مرة أخرى وسار خلفاؤه على نهج الإهداء فتضاءلت مقتنيات المتحف، وفى عام 1858م، وتم تعيين “مارييت” كأول مأمور لإشغال العاديات أى ما يقابل حالياً رئيس مصلحة الآثار، وجد أنه لابد من وجود إدارة ومتحف للآثار، ولذلك قام باختيار منطقة بولاق لإنشاء متحف للآثار المصرية ونقل إليها الآثار التى عثر عليها أثناء حفائره “مثل آثار مقبرة إعح حتب”.
وفى عام 1863م أقر الخديوى إسماعيل مشروع إنشاء متحف للآثار المصرية لكن لم ينفذ المشروع، وإنما اكتفى بإعطاء مارييت مكان أمام دار الأنتيكخانة فى بولاق ليوسع متحفه، لكن فى عام 1878م حدث ارتفاع شديد فى فيضان النيل ما سبب إغراق متحف بولاق وضياع بعض محتوياته، وأعيد افتتاح المتحف فى عام 1881م، وفى نفس العام توفى مارييت وخلفه “ماسبيرو” كمدير للآثار وللمتحف.
وفى عام 1890م وعندما تزايدت مجموعات متحف بولاق تم نقلها إلى سراى الجيزة، وعندما جاء العالم “دى مورجان” كرئيس للمصلحة والمتحف قام بإعادة تنسيق هذه المجموعات فى المتحف الجديد الذى عرف باسم متحف الجيزة، وفى الفترة من 1897 – 1899م جاء لوريه كخليفة لدى مورجان، ولكن عاد ماسبيرو مرة أخرى ليدير المصلحة والمتحف من عام 1899 – 1914م، وفى عام 1902م قام بنقل الآثار إلى المبنى الحالى للمتحف “فى ميدان التحرير” وكان من أكثر مساعديه نشاطاً فى فترة عمله الثانية العالم المصرى أحمد باشا كمال الذى كان أول من تخصص فى الآثار المصرية القديمة وعمل لسنوات طويلة بالمتحف.
